De fem sognekirker på Samsø minder umiddelbart i byggestilen lidt om hinanden, men de har hver deres særpræg og detaljer, så det er ikke kedeligt at gå på opdagelse i dem.

Besser Kirke er, som alle de samske kirker bygget af teglsten, hvidkalket og med rødt tegltag. Kirkens ældste del er skibet, der er fra begyndelsen af 1300-tallet. Senere er kirken blevet udvidet mod vest, koret ombygget og tårnet rejst. Våbenhuset er fra reformationstiden. Altertavlen er fra 1589, prædikestolen fra 1602. På kirkegården findes en større samling ældre ligsten.

Kirkens ensomme beliggenhed skal sikkert ses i sammenhæng med de to nu forsvundne landsbyer, Søby og Glistrup, beliggende i området mellem Mårup og Nordby. Kirkens komplicerede bygningshistorie med de mange om- og tilbygninger er siden 1494 godt dateret i kalkmalerierne. Fra midten af 1500-tallet stammer det spinkle vesttårn, der peger på forbindelser med kirkebyggeri på Djursland. De store vinduer i syd er fra 1800-tallet. Kirkens fineste inventar er et sengotisk monstransskab. Kirkerne i Onsbjerg og Kolby har siden 2001 været samlet i et sogn og har fælles præst.

Bygningen består af et senromantisk skib, våbenhus fra omkring 1450, korparti fra ca. 1500 samt tårn fra reformationstiden. Kirkens fornemste seværdighed, et lille romansk guldkrucifiks fra omkring år 1200, har givet kirken tilnavnet Hellig Kors Kirke. Korset findes på korets nordvæg. En indskrift fra 1596 fortæller om korset, der drev i land på et kvindelig. Hvor det drev i land findes i dag helligkilden, Ilse Made kilde.

Skibet, hvis ældste del stammer fra begyndelsen af 1300-tallet, er i sidste halvdel af 1400-tallet blevet både ombygget og udvidet. I reformationstiden er tårnet bygget. Af særlig interesse kan nævnes fundet af en lektoriestol i den nordre korbue. På Vestvæggen ses en meget sen, 1588, fremstilling af Sankt Jørgen og dragen. Altertavlen er fra omkring år 1625 og prædikestolen er et højrenæssanceværk fra 1597.

Højt hævet på Tranebjerget ligger den smukke gamle hvidkalkede kirke med sit vældige middelaldertårn. Begyndelsen var en lille trækirke - århundreder ligger mellem den og den bygning der nu står. Opførelsestidspunkterne for kirkens forskellige bygningsaf-snit er ret uklare. Kirkens ældste del, skib og kor, er opført af munkesten i begyndelsen af 1300-tallet. I sengotisk tid er koret forhøjet og et sakristi opført på nordsiden. Våbenhuset er fra senmiddel-alderen, og omkring 1550 opførtes et kapel på skibets syd- og nordside. Det søndre kapel er senere revet ned. Mest interesse samler sig om det usædvanligt kraftige tårn. Bygningsdetaljer som skydeskår og "skoldehuller" har givet anledning til fortolkninger af tårnet som fæstningstårn med tilknytning til det nærliggende voldsted: Gl. Brattingsborg. Bygningsundersøgelser har imidlertid vist, at de fæstningsagtige træk skyldes en traditionel benyttelse af verdslig byggestil. Prædikestolen er et rigt udskåret renæssancearbejde fra 1593. Altertavlen, degnestol og enkelte stolerader er fra 1600-tallet. Skibets nordmur har kalkmalerier, blandt andet med Sankt Kristoforus, de vejfarendes beskytter. På kirkegården findes en af landets bedst bevarede senmiddelalderlige tiendelader.

Foruden de fem sognekirker har Samsø to annekskirker.

Ørby Kirke blev opført i byens nordlige udkant i 1904 som filialkirke til Tranebjerg Kirke. På det tidspunkt var Ørby overvejende beboet af landarbejdere, der arbejdede på godset Brattingsborg. Kirken er tegnet af arkitekt N. P. Nielsen, der gav kirken dets karakteristiske lave tårn med det korsprydede pyramidespir. Den træomkransede begravelsesplads blev indviet samtidig med kirken. Det meste af inventaret i kirken er fra begyndelsen af 1900-tallet - kun den romanske døbefont af rødlig granit er ældre. Den stammer efter sigende fra den nedlagte Ferritslev Kirke på Fyn, men dens alder kendes ikke. Kirkens orgel er fra 1955 og afløste det harmonium, som kirken var blevet forsynet med året efter indvielsen.

Langør Kirke er en af Danmarks smukkest beliggende kirker med en pragtfuld udsigt over Stauns Fjord og – i det fjerne – nordøens bakkeland. Kirken blev opført i 1925 som annekskirke til Nordby Kirke for at betjene det dengang meget levende samfund af fisker- og sømandsfamilier i Langør. Kirken er Samsøs mindste og yngste. Den har derfor ikke den historiske aura, som øens middelalderkirker ejer. Men med kirkerummets enkle renhed og den intime stemning er Langør Kirke meget yndet som bryllups- og dåbskirke – også af udensogns og udenøs folk.